纳豆芽孢杆菌又称纳豆菌（Bacillus natto），属枯草芽孢杆菌纳豆菌亚种，为革兰阳性菌，好氧，有芽孢，极易成链。纳豆芽孢杆菌作为一种益生菌，在食品工业、饲料生产、医药等多个领域都展现出了广泛的应用潜力和价值。
   全球纳豆芽孢杆菌市场规模将从26.01亿美元，增长至2029年的32.64亿美元，复合年增长率为3.86%。2024年11月，纳豆芽孢杆菌VB205通过卫健委新原料受理，随着人们对健康饮食和生物科技的关注度不断提高，纳豆芽孢杆菌的应用领域将会更加广泛，市场规模也有望持续增长。
   在食品工业中，纳豆芽孢杆菌是以日本纳豆的主要生产的菌种，纳豆是以小粒大豆为原料，由纯纳豆芽孢杆菌发酵而成，其保健功能高于豆豉。纳豆菌在发酵大豆的过程中，在豆粒周围产生的粘性物质中含有大量的γ-多聚谷氨酸、果聚糖、多种氨基酸及许多挥发性脂肪酸（如乙偶姻、2,3-丁二醇），还含有大量的风味物质吡嗪，经加工后可制成风味独特的调味品。
   在饲料生产中，纳豆芽孢杆菌的应用也逐渐受到重视。纳豆芽孢杆菌对某些动物的生长具有良好的促进作用。在猪饲料中添加纳豆芽孢杆菌，可以提升猪的生长速度和饲料利用率，同时减少肠道疾病的发生率。在鸟类饲料中添加纳豆芽孢杆菌也可以改善鸟的生长性能和免疫功能。此外，纳豆芽孢杆菌还能通过产生抗菌物质抑制肠道病原微生物的生长，从而降低动物生病的风险。然而，需要注意的是，纳豆芽孢杆菌并不适合所有类型的饲料和动物，在使用时需要根据具体情况进行调整。
   在肥料发酵中，纳豆芽孢杆菌可以促进肥料的发酵过程，提高肥料的品质和效果。在水产养殖中，纳豆芽孢杆菌可以快速分解水生动植物残体、粪便、饲料残渣等，增加水体中溶氧量，调节水体PH值，防止水体富营养化，从而改善水质，保持水质清澈。此外，纳豆芽孢杆菌还可以促进水产生物的消化和吸收，提高抗逆能力，明显改善鱼、虾、蟹、蛙、贝类等水生动物的健康状况。
   在生物医药领域中，纳豆芽孢杆菌也有广阔的应用前景，如可以利用纳豆芽孢杆菌高产高活性的纳豆激酶（Nattokinase，NK），使其成为安全的心血管药物；纳豆激酶具有溶解血栓的作用，且无毒副作用，因此其研究和开发具有重要意义。此外，纳豆芽孢杆菌还可以用于生产γ-聚谷氨酸（γ-PGA）等生物活性物质，这些物质在医药、化妆品、食品等领域都具有广泛的应用价值。
   目前，国内生产纳豆芽孢杆菌的主要企业有南京赛尔特生物技术有限公司、武汉鹏垒生物科技有限公司、广州市微元生物科技有限公司、山东思扬生物科技有限公司、陕西金润生物科技有限公司、山东冠特生物工程等。